Франкфуртский Университет был основан богатыми гражданами Франкфурта, включая Франца Адикеса, Вильгельма Мертона, Франциска и Георга Спейера, Эдвига и Пола Эхрлиха, Якоб Генрих Шкифф, Карла Франца, Фридриха Мартина Августа Югель, Генриетту и Генриха Маннбергеры, Алису Иду Маркс, в девичестве Фридманн и ее супруга Эдуарда, Стефана Лоренца, Саймона Морица, Хеннинга Августа Фреихерра фон Бетманна и супруга Максимилиана, Карла Бардорфа, и Лео Ганса (Каселла).
Город Франкфурт и Гессен заявляют, что администрация настоятельно поддерживает молодой и динамический университет, который в свою очередь привлекает многих превосходных ученых, таких как Пол Эхрлих, Макс Ден, Макс фон Лау, Отто Штерн, Хьюго Синзейм, Мартин Бубер, Уолтер Бенджамин, и Эрих Фромм.
Университет переименован в честь самого известного гражданина Франкфурта и становится Университетом им. Иоганна Гётте (Johann Wolfgang Goethe-Universitat).
Во время Нацистского режима университет теряет многочисленных студентов и больше чем одну треть своих профессоров из-за расовой политики и политических причин.
Университет вновь открывается после окончания Второй мировой войны. Первый избранный ректор - Уолтер Холлштейн. В 1958 году он стал Первым президентом Европейской Комиссии.
Макс Хоркхеймер, Теодор В. Адорно и Фридрих Поллок вновь открывают Institut fur Sozialforschung (Институт Социального Исследования).
Прежде обеспеченный университет становится государственным университетом, которым управляет правительство Гессена.
Новый Гессенский расширенный университетский закон предоставляет студенчеству право голоса и права на cо-определение в университетских делах.
Университет расширяется к двум новым местоположениям: Университетский городок Riedberg (естественные науки) и Университетский городок Westend (гуманитарные науки).
Новый Гессенский закон о Высшем образовании устанавливает новую административную структуру с сильным президентским лидерством.
Университет отпраздновал свою 90-ую годовщину. С 35 000 зарегистрированных студентов, 600 профессорами, а также 3 500 академических и неакадемических сотрудников в четырех главных университетских городках, Франкфуртский Университет занимает одно из ведущих мест среди главных университетов Германии.